Raz w roku ojcowie puailini z Jasnej Góry otwierają drzwi do XVII-wiecznej krypty ze szczątkami i prochami zakonników, krypta znajduje się w podziemiach Kaplicy Matki Boże, można ją zwiedzać do końca listopada.
Udostępnianie krypty w listopadzie to wieloletnia tradycja. W niszach wykutych w skale, w 36 wnękach grobowych chowani byli mnisi paulińscy.
Z kolei w Kaplicy Matki Bożej znajduje się kilka XVII-wiecznych nagrobków, które kryją szczątki dobroczyńców sanktuarium, w tym m.in. Heleny z książąt Wiśniowieckich Warszyckiej – kasztelanowej krakowskiej, Stanisława Warszyckiego – wojewody mazowieckiego i kasztelana krakowskiego.
W zaszklonej niszy lewej ściany Kaplicy umieszczona jest urna z prochami o. Augustyna Kordeckiego (1603-1673), przeora nazywanego „obrońcą Jasnej Góry”, który podczas wojny polsko-szwedzkiej ukrył Cudowny Obraz Matki Bożej i dowodził obroną twierdzy jasnogórskiej.
Do bazyliki jasnogórskiej przylegają również dwie prywatne kaplice grobowe rodzin Denhoffów i Jabłonowskich. Mauzoleum grobowe Denhoffów to Kaplica św. Pawła I Pustelnika (około 20 trumien pochodzących z XVII i XVIII wieku z prochami członków tej rodziny spoczywa także w krypcie pod tą kaplicą). Jak podaje Jasna Góra, kaplica św. Pawła I Pustelnika jest jedną z dwóch, w których w ostatnich miesiącach zakończyła się renowacja.
Przy bazylice jasnogórskiej znajduje się też kaplica Świętych Relikwii. W szklanych gablotach pokrywających powierzchnie wszystkich ścian znajdują się relikwiarze świętych i błogosławionych, m.in. św. Honorata, Kandyda, Filipa Nereusza, Donata, Euzebiusza i patrona zakochanych Walentego.
Od lat 60. ubiegłego wieku bracia paulini chowani są na miejskim cmentarzu św. Rocha w Częstochowie.
