Tylko raz w roku siedemnastowieczna krypta w podziemiach jasnogórskiej Kaplicy Matki Bożej jest dostępna dla zwiedzających. Przez kilka wieków chowano tu mnichów.
Listopad jest jedynym miesiącem w roku, w którym to jedno z najstarszych miejsc w sanktuarium jest otwierane dla turystów. Pierwsza krypta w tym miejscu powstała prawdopodobnie w XV w.
Otwarcie krypty we Wszystkich Świętych to wieloletnia tradycja Jasnej Góry. Wcześniej miejsce to udostępniano tylko w oktawę Wszystkich Świętych, między 1 a 8 listopada. Cztery lata temu paulini, wobec dużego zainteresowanie wiernych i turystów, wydłużyli ten czas do miesiąca. Podobnie w tym roku, krypta – według informacji biura prasowego sanktuarium – ma pozostać otwarta do końca listopada.
Założone w końcu czternastego wieku świątynia i klasztor na Jasnej Górze od początku pełniły jednocześnie funkcję nekropolii – były miejscem grzebania zasłużonych duchownych i świeckich.
W krypcie pod Kaplicą Matki Bożej znajduje się 36 wykutych w skale nisz grobowych. Najstarsze, pierwotnie pochowane tam kości dawnych mnichów złożono we wspólnym grobie w 1836 r. Później w krypcie spoczęli m.in. wieloletni generałowie zakonu paulinów: o. Pius Przeździecki i o. Piotr Markiewicz. Na ścianie przed wejściem do krypty jest tablica z wykazem pochowanych tam ojców i braci.
Od 1968 r. paulini z Jasnej Góry chowani są poza obrębem sanktuarium. Na miejskim cmentarzu św. Rocha są dwa paulińskie grobowce. Starszy, tuż obok kościoła św. Rocha, zdobi wyryty na granitowej płycie wizerunek Jasnogórskiej Maryi. Nad nowszym, założonym w 1990 r., góruje figura Chrystusa Zmartwychwstałego.
Miejsca pochówku znajdują się też w innych miejscach jasnogórskiego klasztoru. Np. w Kaplicy Matki Bożej jest kilka XVII-wiecznych nagrobków ze szczątkami dobrodziejów sanktuarium, m.in. kasztelanowej krakowskiej Heleny z książąt Wiśniowieckich Warszyckiej, wojewody mazowieckiego i kasztelana krakowskiego Stanisława Warszyckiego, kustosza katedry łowickiej ks. Stanisława Krajewskiego czy podkomorzego krakowskiego, starosty bocheńskiego i wielickiego Jana Klemensa Branickiego.
W zaszklonej niszy lewej ściany Kaplicy Matki Bożej umieszczona jest urna z prochami bohatera obrony Jasnej Góry przed szwedzkim potopem, przeora o. Augustyna Kordeckiego.
Do bazyliki jasnogórskiej przylegają dwie prywatne kaplice grobowe. Kaplica Aniołów Stróżów została przebudowana w latach 1751-54 r. na mauzoleum grobowe Stanisława Jabłonowskiego, wojewody rawskiego. Natomiast Kaplica św. Pawła I Pustelnika to mauzoleum grobowe rodziny Denhoffów; spoczywają tam też prochy kilku mnichów paulińskich. W ostatnich miesiącach zakończyła się renowacja obu kaplic – wykonana przy pomocy środków unijnych.
Przy jasnogórskiej bazylice znajduje się też Kaplica Świętych Relikwii. W szklanych gablotach pokrywających wszystkie jej ściany znajdują się relikwie świętych i błogosławionych, m.in. św. Honorata, Kandyda, Filipa Neriusza, Donata, Euzebiusza, a także św. Walentego – patrona zakochanych.
W klasztorze jest też krypta nieudostępniana pielgrzymom – pod jasnogórską bazyliką. Spoczywają tam osoby świeckie z zasłużonych dla kraju i sanktuarium rodów. Trzy lata temu podczas remontu posadzki bazyliki odkryto też nieznaną wcześniej kryptę z kamienia wapiennego, a w niej cztery unikatowe trumny, tzw. dłubanki, ze szczątkami czworga dorosłych i dziecka.
